Nel grande assedio di Malta il forte Sant'Elmo cadde ai Saraceni, ma alla fine i cavalieri dell'Ordine ebbero la meglio grazie ai rinforzi siciliani. In seguito la città fu ricostruita, fondata dal Gran Maestro dei Cavalieri Ospitalieri Jean de la Valette, che, il 28 marzo del 1566, ne pose la prima pietra, in quella che poi sarebbe diventata la Chiesa di Nostra Signora delle Vittorie. Il Gran Maestro chiese aiuto a re e principi d'Europa ricevendo molti aiuti grazie alla grande fama ottenuta dall'Ordine durante l'assedio. Papa Pio IV inviò l'architetto militare che ideò la città, il cortonese Francesco Laparelli, mentre Filippo II di Spagna inviò sostanziali aiuti monetari. Quando Laparelli lasciò Malta il lavoro venne continuato dal suo assistente, Girolamo Cassaro, che progettò, tra l'altro, la Concattedrale di San Giovanni e parte delle fortificazioni.

 

Lo spazio urbano della città è costituito da una maglia di strade ortogonali tra loro che divide l’area in “quartieri”. Questi, nella maggior parte dei casi, sono costituiti da isolati regolari generalmente di forma rettangolare o quadrata composti da più edifici di diversa natura ed elevazione e, nella loro parte interna, spesso troviamo delle ampie corti destinate a far penetrare la luce e far circolare l’aria tra gli ambienti. In altri casi, questi blocchi urbani sono interamente occupati da un'unica struttura riconducibile all'Ordine o a un’istituzione religiosa. In poche parole, ognuno di questi quartieri, interamente o parzialmente, predilige e si connota per funzioni residenziali, commerciali, amministrative o religiose.

 

La Valette morì nel 1568 e il suo posto venne preso da Pietro del Monte che continuò la sua attività. Nel 1570 la costruzione della città era completata ed essa venne battezzata col nome del suo fondatore. Divenne capitale il 18 marzo 1571 quando Pietro del Monte trasferì la sua sede da Forte Sant'Angelo a Vittoriosa al Palazzo del Gran Maestro. Sette auberge furono costruiti per l'Ordine entro la fine del 1580 e un ottavo (l'Auberge de Bavière) fu più tardi aggiunto nel XVIII secolo.

 

Sotto il comando di Antoine de Paule vennero costruite molteplici fortificazioni a protezione della città, il cosiddetto Sistema di Floriana (Floriana's Lines) disegnato dall'architetto maceratese Pietro Paolo Floriani. Sotto il comando di António Manoel de Vilhena si inizia a formare un insediamento tra le mura della città e il Sistema di Floriana che si evolve da sobborgo de La Valletta a Floriana, una città a sé stante. Nel 1634 una fabbrica di polvere da sparo esplose accidentalmente uccidendo 22 persone e danneggiando vari edifici della città tra cui la vicina Chiesa dei Gesuiti.

 

Nel 1749 la Cospirazione degli Schiavi musulmani pianificò di uccidere il Gran Maestro Manuel Pinto de Fonseca e prendere possesso della città, ma il complotto fu scoperto e soppresso dall'Ordine ancora prima che iniziasse. Negli anni successivi Pinto abbellì la città con architetture barocche e molti importanti palazzi, come l’Auberge de Castille, furono ristrutturati o completamente ricostruiti nel nuovo stile.

 

Nel 1775, durante il comando di Francisco Ximenes de Texada vi fu una nuova rivolta ( Rivolta dei sacerdoti) in cui i ribelli occuparono il forte Sant'Elmo e il Forte San Giacomo prima di essere sconfitti.

 

Nel 1798 l'Ordine lasciò l'isola ed ebbe inizio l'occupazione francese di Malta. Dopo la ribellione maltese, le truppe francesi continuarono ad occupare La Valletta e l'area circostante del porto, fino alla resa al Regno Unito nel settembre del 1800. Nei primi anni del secolo il commissario civile Henry Pigot avvia la demolizione delle fortificazioni della città. Le demolizioni furono nuovamente proposte negli anni '70 e '80 del XIX secolo, ma non furono mai effettuate e le fortificazioni rimasero quasi interamente intatte.

 

Nel 1883 fu ufficialmente aperta la ferrovia che collegava La Valletta a Mdina che venne poi chiusa nel 1931 quando l'autobus divenne un popolare mezzo di trasporto.

 

Nel 1939 la flotta del Regno Unito, il Mediterranean Fleet, abbandonò la città e La Valletta divenne un teatro di battaglia nei successivi due anni che culminarono nell'assedio di Malta in cui le incursioni aeree tedesche e italiane durante la Seconda guerra mondiale danneggiarono fortemente la città e l'area del porto. Il Teatro Reale, posto all'entrata della città, costruito nel XIX secolo dall'architetto Edward Middleton Barry, fu una delle opere perdute durante i bombardamenti.

 

Nel 1980 la città ospitò le ventiquattresime Olimpiadi degli scacchi e nello stesso anno l'intera città viene dichiarata Patrimonio dell'umanità dall'UNESCO, insieme ai Templi megalitici di Malta e l'Ipogeo di Ħal-Saflieni. L'11 novembre 2015 la città ospitò il Valletta Summit on Migration in cui i leader europei e africani hanno discusso la crisi europea dei migranti e pochi giorni dopo (il 27 novembre) ha il Commonwealth Heads of Government Meeting 2015.

 

Attualmente la Valletta è il centro amministrativo, commerciale e culturale di Malta.